Høgskolen i Nesna har en organisasjonsoppbygging basert på to nivå der avdelingsnivået har det operative ansvar for utdanningene. Avdelingene er inndelt med basis i en faglig inndeling.

Høgskolen i Nesna har følgende avdelinger:

• Avdeling for kultur og samfunn
• Avdeling for natur- og realfag
• Avdeling for pedagogikk og sykepleie

Dekanen er avdelingens faglige og administrative leder.

Ved hver avdeling er det et avdelingsråd bestående av dekan, seksjonsledere og studentrepresentant(er). Avdelingsrådet skal gi råd i store og vesentlige saker for avdelingen; budsjett, studietilbud, FoU, kvalitetsarbeid og andre faglige prioriteringer. (Jmf. Styrings- og delegasjonsreglement, p. 1.6.2)